Prima della seconda guerra mondiale, c'erano tre tipi di Shiba in Giappone: il Mino, lo San’in e lo Shinshu, ognuno chiamato in base alla regione da cui provenivano.
Il Mino, se paragonato allo Shiba attuale, era meno raffinato. Era di un ricco e denso color mogano, che assieme ai peli dalle punte nere del muso, del dorso e della coda ricordava un po' lo “sashige,” o il cosiddetto rosso sporco. Tuttavia lo sashige è un difetto nello Shiba moderno, oltre al fatto che il Mino non aveva urajiro, al giorno d'oggi indispensabile in uno Shiba ai lati della bocca, delle guance, sotto il mento, collo petto e stomaco. Aveva orecchie spesse e a punta, e possedeva una coda a falce al posto della coda arrotolata che troviamo negli Shiba odierni.
Lo San’in, più grande dello Shiba moderno, era di un nero irregolare e anch'egli senza urajiro. Lo stop ben definito dello Shiba odierno era una delle caratteristiche dello San’in, come anche la sua esuberanza e indipendenza. Gli Shiba San’in erano infatti conosciuti per la loro mancanza di affetto.
Ed infine, lo Shinshu era il più piccolo e rosso, con setole fitte nel pelo di guardia e un denso sottopelo, con l'unica tendenza ad avere occhi più tondeggianti piuttosto che gli occhi a forma triangolari oggi preferiti dallo standard.
Dalla fine della Seconda guerra mondiale, lo Shiba era quasi estinto, la maggior parte morti sotto i bombardamenti o di cimurro. Erano così vicini all'estinzione che le tre linee di sangue vennero incrociate per assicurare la salvezza della razza. La maggior parte degli Shiba sopravvissuti erano Shinshu, con alcuni Mino e Sanin.
Lo Shiba venne così salvato ed acquisì velocemente popolarità in Giappone. La ripresa della razza crebbe parallelamente all'economia post bellica, raggiungendo rapidamente assieme il successo. Sebbene il Giappone fosse già altamente urbanizzato prima della seconda guerra mondiale gli anni post guerra videro il Giappone diventare una delle nazioni più urbanizzate sulla terra, specialmente nell'area metropolitana di Tokyo. Come in tutte le grandi metropoli del mondo, anche i giapponesi predilisero cani di piccola taglia. Essendo la razza nativa più piccola del Giappone, lo Shiba divenne una costante e duratura scelta come cane da appartamento. Alcune statistiche accurate stimano la popolazione canina in Giappone pari a 10 milioni di individui, cifra superata solo da stati come la Cina, il Brasile e gli Stati Uniti. Alla fine del 20esimo secolo lo Shiba è diventato la razza più popolare in Giappone, assumendo un ruolo simile a quello del Labrador retriever negli Stati Uniti, Uk e Canada.