Negli ultimi decenni molti ricercatori giapponesi hanno studiato in maniera sistematica e scrupolosa le origini dei cani giapponesi. Il pioniere della ricerca canina in Giappone è senza dubbio Katsuaki Ota della Università di Nagano, il quale nel 1980 ha presentato un dettagliato report al quale gli attuali scienziati fanno ancora riferimento.
Anche il prof. Yuichi Tanabe della Università di Gifu e il prof. Nobuo Shigehara della Università di Kyoto hanno contribuito allo studio delle origini delle razze giapponesi e nelle loro numerose pubblicazioni hanno rafforzato la conoscenza sulle razze indigene giapponesi.
Basandosi sull'analisi genetica di più di 1.500 cani giapponesi, Yuichi Tanabe fu in grado di dimostrare quando e in che modo i primi cani arrivarono dal continente asiatico in Giappone. Secondo la sua ricerca i primi cani arrivarono in Giappone in due ondate di immigrazione: la prima con le popolazioni Jomon dal sudest asiatico attraverso Taiwan e le isole Ryukyu nel periodo Jomon per l'appunto (dal 10.000 a.C. al 300 a.C.); successivamente ancora con le immigrazioni di popoli arrivati dalla penisola Koreana nel cosiddetto periodo Yayoi (dal 300 a.C. al 300 d.C.) e nel periodo Kofun (dal 300 al 600 d.C.).
I cani immigrati in queste tre epoche della storia primitiva giapponese sono spesso classificati assieme e identificati come cani Jomon.
I cani Jomon si incrociarono tra loro nel corso dei secoli e secondo il prof. Tanabe e altri ricercatori, formano la base comune e unica di tutte le razze giapponesi moderne.
Nobuo Shigehara ha confermato queste ipotesi grazie a nuovi studi genetici. Studiò il patrimonio genetico di 120 cani dal periodo Jomon fino al periodo Kamakura (XIV secolo), e analizzò 124 cani giapponesi moderni e 54 cani non giapponesi, per accertarne le correlazioni filogenetiche. I ricercatori guidati dal prof. Shigehara arrivarono alla conclusione che i cani del periodo Jomon sono la base dei moderni cani giapponesi.
Yuichi Tanabe ha inoltre sottolineato la relazione del patrimonio genetico analizzato con lo Shiba moderno, differenziandolo in tre varianti: San'in, Mino e Shinshu Shiba. Tanabe arriva alla conclusione che lo San'in Shiba è stato più fortemente influenzato dalla ibridazione del cane Jomon con i cani del periodo Kofun e Yayoi. Il Mino Shiba e lo Shinshu Shiba, furono anche inequivocabilmente influenzati geneticamente dai cani del periodo Yayoi e Kofun, ma in maniera più limitata.
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